Первую Никольскую церковь построили в Якутске в 1718 г., деревянный храм во имя Николая Чудотворца. Спустя несколько десятилетий ее решили заменить более величественным каменным храмом, строительство которого началось в 1791 г. Однако из-за большого числа упущений при его возведении он практически сразу стал разрушаться, и в 1834 г. церковь решили разобрать. Вскоре началось строительство нового храма. Его возводили в камне на средства якутского купца 2-й гильдии Ивана Яковлевича Шилова. Церковь освятили в 1852 г.