В статье представлены результаты анализа многолетних наблюдений основных характеристик речного стока р. Вилюй по данным многолетних наблюдений на гидрологических постах в естественных условиях и их изменений после ввода в эксплуатацию Вилюйских ГЭС. Приводятся результаты исследования колебаний годового стока р. Вилюй на водный режим р. Лены под воздействием работы ГЭС. На основе полученных данных установлено снижение летне-весеннего стока, увеличение осеннего и значительное увеличение зимнего стока. После ввода ГЭС основная часть стока приходится на зимний сезон за счет суточного и недельного регулирования водности. Приводятся условия формирования наледей на р. Вилюй после строительства ГЭС. Причина их заключается в образовании зимой по всей длине р. Вилюй ниже ГЭС выступания на лед и замерзания сработанных гидроэлектростанцией объемов воды. Образование наледей способствует росту ледяного покрова и увеличению минерализации вод в нижнем бьефе реки Вилюй. Показатели минерализации также подвержены сезонным изменениям. Максимальные показатели минерализации воды приходятся на осень и зиму, наименьшие в летний период. Изменения естественного состояния речного стока являются ключевым фактором, определяющим наиболее существенное изменение минерализации воды р. Лены в зимний период. Изменения на р. Лене прослеживаются до гп. Кюсюр. Выявленные изменения режима р. Вилюй и его возможного влияния на химический состав воды р. Лены и на различные объекты экосистемы в настоящее время не учитываются.